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2387年，一顆極不穩定的超新星威脅了整個銀河系。史巴克大使駕駛著攜帶有「紅物質」（red matter）的飛船，試圖創造一個人工黑洞來消滅超新星。但是，在史巴克完成任務前，超新星已經吞噬掉了羅慕倫帝國的母星羅穆盧斯星。失去妻兒的羅慕倫採礦船納拉達號（Narada）艦長尼祿（Nero）將其母星與同族人民的毀滅歸罪於史巴克，急於向他復仇；然而，黑洞的事件視界困住了兩艘星艦，並把它們送到了過去。...

70年代末期美國空軍決定關閉神秘51區，外傳是美軍藏匿外星人的基地，當所有證據即將被湮滅，有隻不明生物卻成功脫身了．．． 一群青年人在俄亥俄州一小鎮拍攝八米厘短片時，目擊一宗火車大災難。不久後，小鎮接連發生離奇怪事，不斷有人神秘失蹤。當地警方嘗試查找原因，但卻揭露了令他們難以想像的驚世真相！...

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